Y principalmente lo que rompe es el arranque, resultando en un kernel panic. Este problema lo tuve por mas de un mes y no tenia tiempo de buscarle solucion hasta hace unos dias.

Lo que sucede es que despues de actualizar busybox a las versiones mencionadas empieza a ocurrir el problema y manualmente debes seleccionar un kernel inferior para arrancar el sistema. La solucion es facil: revertir la actualizacion de busybox:
$ sudo apt-get install busybox=1:1.21.0-1

Despues de eso es necesario reinstalar la ultima version del kernel para que actualice el initramfs y todos sean felices.

Ese bug esta arreglado en la version experimental de busybox. Aqu el changelog:
busybox (1:1.21.0-6exp) experimental; urgency=low
...
...
* fix busybox initramfs hook to actually _run_ (make it executable)
and actually strip leading /usr from applet paths. Stupid.
(Closes: #732256)